Penebangan liar berdampak negatif terhadap sistem ekonomi dan ekologi pengelolaan hutan yang optimal. Menurut teks pertemuan G-8 tahun 1998 yang diadakan di Birmingham mengenai pengelolaan hutan, “penebangan liar merampas pendapatan dan manfaat yang signifikan dari pemerintah pusat dan daerah, pemilik hutan dan masyarakat lokal, merusak ekosistem hutan, mendistorsi pasar kayu dan sumber daya hutan. penilaian dan bertindak sebagai disinsentif terhadap pengelolaan hutan lestari. Perdagangan internasional atas kayu yang ditebang secara ilegal termasuk transfer pricing, under invoice dan praktik ilegal lainnya, memperburuk masalah pembalakan liar.” Besarnya pembalakan liar sangatlah signifikan. Penelitian menunjukkan bahwa pada masa lalu, lebih dari 70 persen kayu olahan di Indonesia berasal dari sumber ilegal.
Penebangan liar tidak sebanyak yang terjadi pada tahun 1980an dan 90an meskipun masih terjadi. Penebangan liar umumnya berfokus pada spesies bernilai tinggi dan mengakibatkan penebangan selektif terhadap spesies tertentu. Biasanya pohon ini berukuran besar, berumur panjang, dan menghasilkan biji. Akibat penebangan liar selektif ini, spesies endemik tertentu berkurang dari hutan. Hal ini kini terjadi di sebagian besar hutan yang tersisa di Kalimantan. Hilangnya elemen struktural, habitat, dan sumber benih tertentu menyebabkan hutan menjadi kurang stabil dan produktif. Meskipun spesies ini mungkin bukan sumber penghasil buah atau makanan bagi orangutan, mereka penting sebagai pohon sarang dan menjadi penghubung di kanopi atas tempat orangutan beraktivitas.
Akibat lain dari pembalakan liar adalah masuknya penebangan hutan ke dalam hutan. Seringkali kanal dan jalan setapak dipotong untuk memungkinkan akses berjalan kaki dan perahu jauh ke dalam hutan. Kanal mengakibatkan turunnya permukaan air dan meningkatnya akses manusia ke dalam hutan sehingga meningkatkan insiden perburuan ilegal dan perusakan habitat lainnya.
