Perusakan dan degradasi hutan hujan tropis, khususnya hutan dataran rendah, di Kalimantan dan Sumatera menjadi penyebab utama orangutan terancam punah.
Hal ini terutama disebabkan oleh aktivitas manusia (penebangan liar secara intensif, konversi hutan menjadi perkebunan kelapa sawit dan hutan tanaman, pertambangan, pembukaan hutan untuk pemukiman, dan pembangunan jalan) dan juga kebakaran skala besar yang disebabkan oleh fenomena cuaca El Nino. Selain itu, perdagangan satwa liar juga menjadi salah satu faktor menurunnya populasi orangutan liar. Yang terakhir, orangutan terkadang diburu dan dimakan oleh sebagian masyarakat adat Kalimantan serta para penebang migran dan pekerja perkebunan yang tidak memiliki pantangan makanan untuk memakan daging satwa liar primata.
Illegal logging (Gunung Leuser National Park) Photo © Ruwindrijarto/Environmental Investigation Agency
Pada suatu waktu, populasi orangutan liar di dunia kemungkinan mencapai ratusan ribu individu, namun perkiraan saat ini menunjukkan bahwa kini jumlah orangutan liar yang tersisa jauh lebih sedikit. Selama dekade terakhir, populasi orangutan mungkin mengalami penurunan sebesar 50% di alam liar. Meskipun perubahan iklim di masa lalu mungkin menjadi penyebab sebagian penurunan ini, orangutan terutama terancam oleh aktivitas manusia dan pembangunan yang menyebabkan hilangnya dan degradasi habitat hutan mereka. Saat ini, IUNC telah mengklasifikasikan Orangutan Kalimantan dan Sumatera sebagai Sangat Terancam Punah.
Perkiraan terbaru mengenai ukuran dan sebaran populasi orangutan dapat ditemukan di Situs Web Daftar Merah Spesies Terancam Punah IUCN. Penilaian Daftar Merah IUCN menunjukkan bahwa sekitar 14.600 orangutan sumatera (Pongo abelii) masih hidup di alam liar. Populasi orangutan Kalimantan (Pongo pygmaeus) diperkirakan berjumlah sekitar 104.700 individu. Karena hilangnya habitat orangutan dalam jumlah besar di kedua pulau tersebut, kemungkinan besar jumlah orangutan di kedua pulau tersebut saat ini berada di bawah jumlah yang tercantum dalam Daftar Merah IUCN. Sekitar 2.000-3.000 orang tua di Kalimantan dibunuh setiap tahun dalam empat dekade terakhir saja, yang berarti hilangnya lebih dari 50% populasi asli hanya dalam waktu 40 tahun. Dengan tingkat pembunuhan seperti ini, populasi orangutan bisa berkurang hingga punah dalam 50 tahun ke depan.
